Under kung Ferdinand av Aragon ökade inflytandet av inkvisitionen. I april 1484 i Tarasona i Cortes i Aragon Kingdom, på det hemliga rådet, bestående av personer som kallas av kungen, beviljades Thomas Torquemade till chef som inkvisitör av kungarikets rike. Thomas Torquemada utsåg bror Gaspar Huglar, en Dominikansk munk, och Dr. Pedro Arbues d’Epil, kanon för storstadskyrkan, som inkvisitorer av stiftet Saragossa.
Det kungliga dekretet beordrade provinsmyndigheterna att hjälpa dem. De nya inkvisitörerna under maj och juni genomförde flera offentliga och ceremoniella auto-da-fés och överlämnades till den sekulära domstolen de olyckliga tilltalade, som brändes. Dessa avrättningar irriterade mer och mer de nya kristna i det aragoniska riket, som snart förväntade sig se återupptagandet av scener bland dem som ägde rum i Kastilien, där en domstol inrättades för bara tre år sedan, förstört av fanatiska munkar och präster tusentals offer.
Aragonierna såg att alla deras ansträngningar för att förhindra bildandet av inkvisitionen bland dem var förgäves och beslutade att offra en eller två inkvisitorer för att skrämma andra. De var övertygade om att det efter denna händelse inte skulle finnas några fler tvivel om den populära stämningen, att ingen skulle våga bli en inkvisitör, och kungen själv skulle ge upp sin ursprungliga avsikt i rädsla för upproriska rörelser som kunde bryta ut i Kastilien och Aragonien. ”När komplottet godkändes av konspiratörerna började de leta efter mördare för att bli av med Dr. Pedro Arbues d’Epyla, huvudinkvisitorn i Zaragoza.
För att skydda sig mot mördarnas slag bar inkvisitorn kedjepost under sina kläder och något som en järnhjälm täckt med en rund mössa. Vid tidpunkten för mordet i storstadskyrkan knäböjde han vid en av kyrkans kolumner, där det nu finns en stol för aposteln; bredvid honom låg hans lykta, och en tjock pinne lutade sig mot kolonnen. 15 september 1485 efter klockan elva på kvällen, medan kanonen i kyrkans alter läste morgonböner, Juan d’Esperaindeo, beväpnad med ett svärd, närmade sig honom, slog honom med ett starkt slag med ett blad på sin vänstra hand. Vidal d’Uranzo, som varnas av Juan d’Abadia för att bli slagen i nacken, slog honom bakifrån med ett slag som bröt huvudrustningen och gjorde ett så djupt sår på huvudet att inkvisitorn dog av den två dagar senare, det vill säga den 17 september.
Den politiska beräkningen inspirerade honom, liksom Isabella, idén att hedra Arbues minne med någon form av högtidlighet, vilket i hög grad bidrog till att presentera honom som en helgon och omge honom med en speciell kult i kyrkorna. Detta hände mycket senare, när påven Alexander VII den 17 augusti 1664, numrerade Arbues till ansiktet av de välsignade, som en martyr för tron. Och i rätt tid uppfördes en magnifik grav för honom, och hans kropp lades i den 8 december 1487. ”