I slutet av 1480-talet ersattes religiösa bilder av en intim kammarplan i Botticellis verk med storskaliga kompositioner, som om de riktades till en mer masspublik. Medan Botticelli under åren 1484-1489 verkar vara nöjd med sig själv och serenely upplever en period av härlighet och skicklighet, visar ”Altaret i San Marco” redan förvirring, nya ångest och hopp. Effekten av denna målning beror till stor del på tolkningen av himmelsyn, mättad med religiösa och symboliska motiv med en apokalyptisk färg. De inspirerades av Savonarolas predikaner i Florens, vilket snart ledde till ett politiskt kupp som slutade med utvisning av Medici 1494.
I lösningen av teman låter nu andra inton mer och mer, det fylls med ett skarpt dramatiskt ljud. Själva formatet för Sandros verk från denna period om religiösa motiv är av en förstorad karaktär, vilket ger dem ny betydelse. Ett typiskt exempel på denna typ av komposition är San Marco, ett av de mest framstående verk av Botticelli.
Florentine Jewelers Guild svarade för underhåll och dekoration av Dominikanska kyrkan San Marco, ett av kyrkans kapell var tillägnad deras beskyddare Saint Eligia. Altarbilden av ”The Coronation of Mary with Angels, John the Evangelist and Saints Augustine, Jerome and Eligii”, känd som San Marco-altaret, skriven av Botticelli omkring 1488-1492, var avsedd för detta kapell. Det faktum att altarbilden beställdes av juvelerare förklarar användningen av en stor mängd guld i detta stycke. Guldbakgrunden överst på bilden skiljer mellan den himmelska och den jordiska världen, men de kommer fortfarande i kontakt i utrymmet på bilden, en sådan tolkning var ovanlig för den tidens verk.
Den centrala delen av altaret präglas av arkaiska drag: figurerna av änglar och helgon skiljer sig kraftigt i skala; Den fantastiska nisch där kronans scen är innesluten står i kontrast till en mer realistisk tolkning av de fyra huvudpersonernas rumsliga miljö. Omgiven av jublande änglar sitter Gud fadern och Jungfru Maria på himmelska troner, och under deras fötter finns en matta av moln. Botticelli inskriven mästerligt auroran från sina figurer i den halvcirkelformade övre delen av bilden, vilket överensstämmer med kapellens kupolformade arkitektur.
Fyra monumentala figurer av helgon som ligger i en halvcirkel i en äng, mot bakgrund av ett landskap med en sjö och kuperade stränder. Aposteln John, författaren till evangeliet, epistlarna och apokalypsen, avbildad med en upphöjd bok, fungerar som en medlare mellan åskådarnas åskådare och den fantastiska rotationen av änglar runt regnbågens båge av keruber och serafer som gränsar till scenen för Coronation of Mary. Utseendet på änglar mot bakgrund av gyllene strålar, i förblindande utstrålning, bland rosornas regn, och det jordiska landskapet med dess klippor och ängsäng som de heliga står på, verkar betona kontrasten mellan den fantasmagoriska och attraktiva himmelska verkligheten och den materiella världen.
I avbildningen av änglar finns det en hel del spänning, Edsgesten i St Jerome andas förtroende och värdighet. Samtidigt finns det en viss avvikelse från ”perfektionens proportioner”. Intensiteten växer, avser emellertid uteslutande karaktärernas inre värld och därför inte saknar storhet, färgens skärpa, blir mer och mer oberoende av ljus och skugga, ökar.