Tillhörande den armeniska apostoliska kyrkans tro skapade Aivazovsky en hel serie bibliska målningar såväl som historiska tomter.
År 1862 skrev Aivazovsky två versioner av målningen The World Flood och återvänder sedan upprepade gånger till denna bibliska berättelse under sitt liv. 1864 en av de bästa varianterna av bilden av översvämningen.
Det är just havet som vanligtvis framträder för honom som den universella grunden för natur och historia, särskilt i tomterna med skapelsen av världen och översvämningen; bilderna av religiös, biblisk eller evangelisk ikonografi såväl som antik mytologi kan dock inte räknas bland hans största framgångar.
Den kreativa individualiteten och världsuppfattningen av den stora marinmålaren med sina nationella rötter kopplade honom till armenisk kultur under hans livstid. Bibliska berget Ararat – en symbol för Armenien – skrev Aivazovsky minst tio gånger. Noahs härkomst från Ararat placerades först i Paris, och när lokala landsmän frågade honom om han hade armeniska åsikter, förde dem till bilden och sa: ”Här är vårt Armenien.”
Därefter presenterade Aivazovsky en duk för Novo-Nichivan-skolan. Under inbördeskriget förvandlades skolan till en kaserner som omväxlande ockuperade vitt eller rött. Bild täckt brott i dörren. När överträdelsen förseglades med ett bräde, och bilden försvann. Kidnapparen var Martiros Saryan, som en gång studerade på denna skola. 1921, bland de armeriska konstverk som han samlade, förde han ”The Descent of Noah” till Jerevan.
Bland målningarna med en historisk intrig är bilden av dopet av det armeniska folket, som en gång prydde en av de feodosianska armeniska kyrkorna och väckte patriotiska känslor i församlingen.
Handlingen för dopandet av det armeniska folket tjänade som en vändpunkt i armens kulturhistoria. Dess välstånd främjades genom antagandet av kristendomen av armenierna. I början av 400-talet legaliserades denna religion i Armenien som en statlig religion. Armenien är därför idag en av de äldsta kristna staterna.